Jeune militant trotskyste à la Ligue communiste révolutionnaire, il s’en éloigne lorsqu’il entame sa carrière au Monde en 1980. D’abord spécialiste des questions d’éducation, il mène des enquêtes remarquées et est à l’origine de la plupart des révélations afférentes aux affaires sous Mitterrand, devenant ainsi un des symboles du journalisme indépendant. Il devient directeur de la rédaction du Monde après la mise en place de sa nouvelle formule, en 1996. Il occupe ce poste jusqu’à 2004. Les ventes du journal, devenu premier quotidien généraliste de France, augmentent durant son mandat. Journaliste controversé, dévoilant certaines affaires se révélant être diffamatoires (Dominique Baudis, le scandale à Panama...), il fonde, en 2008, le journal en ligne Médiapart, puis, l’année suivante, le syndicat de la presse indépendante d’information en ligne.

Ouvrages majeurs :

La République inachevée. L'État et l'école en France, Payot, 1985

Secrets de jeunesse, Paris, Stock, 2001

Procès, Stock, 2006

Pour les musulmans, La Découverte, 2014